La direction générale des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture (DGAMPA) est chargée de l'élaboration et de la mise en en oeuvre de la stratégie nationale de l'État pour la mer et le littoral, du pilotage de la planification maritime ainsi que de la régulation des activités maritimes. Elle exerce ses missions dans une perspective de développement durable.

Ainsi, la DGAMPA conçoit et met en oeuvre les politiques publiques relatives à l'économie bleue et à l'emploi maritime, à la transition écologique des navires, à la pêche et à l'aquaculture, à la formation des marins et au droit du travail maritime, à la flotte de commerce, au nautisme et à la plaisance. Elle pilote également l'action de l'État en matière de sécurité maritime, de surveillance de la navigation maritime, de sauvetage en mer, de contrôle des activités maritimes et de police en mer. Elle concourt aux négociations communautaires et internationales dans ces domaines. Enfin, elle anime et coordonne l'action des directions de l'administration centrale du ministère dans les domaines relatifs à la mer et au littoral.

Le GUFIP est un guichet à compétence nationale créé en 2022 , bureau d'administration centrale localisé à Saint-Malo. Composé de 23 agents, il assure la collecte de la taxe annuelle sur les engins maritimes à usage personnel (TAEMUP), taxe affectée aux politiques maritimes.