Le service mobilité aménagement et paysage est constitué de 3 pôles opérationnels (maîtrise d'ouvrage des projets routiers nationaux et suivi des projets d'aménagement structurants notamment ferroviaires), un pôle affaires foncières et financières (programmation ; suivi administratif et financier des marchés ; acquisitions foncières, qualité) et le pôle stratégie et animation.

Le pôle SA  est en charge des missions de niveau régional liées à l'aménagement, stratégie foncière de l'État, suivi des PNR, SRADDET, politique des paysages, mobilité, inspection des sites classés. Il  est piloté par un binôme chef de pôle/chef de pôle délégué, en bi-sites. Pour les thèmes liés à l'aménagement et à la mobilité, le pilotage général et l'animation métier est assuré par le chef de pôle. Pour les domaines sites, paysages et PNR le pilotage de l'activité est assuré par le chef de pôle délégué