Le secrétariat général assure le fonctionnement opérationnel des ministères en charge de la transition écologique, de l'aménagement du territoire, des transports, de l'énergie, de la ville et du logement. Ses missions couvrent l'ensemble des fonctions supports : finances, budget, comptabilité, ressources humaines, formation, immobilier, logistique, informatique, ainsi que stratégie, conseil interne, communication, événementiel, relations internationales et pilotage de projets.
Au sein du secrétariat général, la direction des affaires financières supervise les métiers suivants : budget, chaîne de la dépense, maîtrise des risques, achats, soutien, logistique, immobilier, archives et documentation.
Elle se compose de :
   > la sous-direction du budget et de la fiscalité ;
   > la sous-direction des comptabilités et de l'ingénierie financière ;
   > le département de la politique de la conformité financière ;
   > la mission de la stratégie immobilière ministérielle ;
   > le service des achats et du soutien, incluant :
       - la sous-direction des achats durables,
       - la sous-direction de l'environnement de travail et de l'immobilier opérationnel,
       - la mission de la politique documentaire,
       - la mission des archives et de la gestion de l'information électronique.
Ses équipes sont principalement implantées à la Grande Arche de la Défense, au pôle ministériel Saint-Germain et dans des ateliers à Nanterre.