La direction générale des infrastructures, des transports et des mobilités (DGITM) élabore et met en oeuvre la politique des déplacements de personnes et de marchandises. Elle est composée de deux directions (direction des transports ferroviaires, fluviaux et des ports ; direction des mobilités routières), soit environ 400 agent(e)s à La Défense.
S'ajoutent deux services techniques centraux et les directions territoriales, notamment en charge de l'entretien et exploitation des routes nationales, portant à près de 9.000 agents. Le budget annuel qu'elle gère est de l'ordre de 8 Milliards d'euros.

Au sein de la direction des transports ferroviaires et fluviaux et des ports, le département du transport fluvial comprend deux bureaux :
- le bureau des voies navigables (TF1),
- le bureau des services fluviaux (TF2).

Dans le cadre de la décarbonation du secteur des transports, premier secteur émetteur de gaz à effet de serre en France, le département poursuit un objectif de report modal du fret vers le fluvial. Issu de la conférence Ambition France Transports, la future loi-cadre relative au développement des transports met en oeuvre la priorité donnée à la modernisation et à la régénération des réseaux existants, rejoignant ainsi la démarche de modernisation de VNF et l'enjeu de résorption de la « dette grise » constituée par des années de sous-investissement dans l'infrastructure, tendance que le Contrat d'objectifs et de performance vise à inverser depuis 2020.