La direction des affaires juridiques du pôle ministériel déploie son activité dans le domaine contentieux, en matière de légistique et délivre des conseils dans tous les champs de compétence du ministère. Elle assure une mission de veille juridique et de diffusion des connaissances juridiques.

Le bureau des affaires juridiques la mer appartient à la direction des affaires juridiques du secrétariat général. Il est rattaché à la sous-direction des affaires juridiques de l'énergie et des transports (AJET) qui comporte quatre bureaux :
-     le bureau des affaires juridiques de la mer (AJET1),
-     le bureau des affaires juridiques des infrastructures et de l'accessibilité des transports (AJET2),
-     le bureau du droit général des transports, de la domanialité publique et de la législation économique (AJET3),
-     le bureau des affaires juridiques de l'énergie (AJET4).

La sous-direction des affaires juridiques de l'énergie et des transports traite des questions juridiques, du suivi et du conseil en ce qui concerne l'élaboration des projets de lois et de décrets relatifs aux infrastructures, aux transports, à l'énergie, ainsi que du contentieux en ces matières.

Au sein de la sous-direction, chaque bureau est appelé, dans son périmètre de compétence, à traiter l'ensemble des droits applicables (droit international et européen, droit constitutionnel, droit administratif général, droit administratif spécial).