Le secrétariat général garantit le bon fonctionnement des ministères à travers 3 grands types de missions : (i) apporter aux ministres et à leur administration les services essentiels au fonctionnement quotidien et à la conduite des politiques publiques ; (ii) piloter et animer le réseau déconcentré et des opérateurs ; (iii) innover et transformer au service d'une action ministérielle plus efficace, plus proche du terrain et orientée vers les résultats.

Composé de 2 350 agents (52% de femmes ; 30% des agents en région ; 50 agents à l'étranger ; 48% de catégorie A, 32% de B et 20% de C), il comprend : la direction de l'action européenne et internationale (DAEI), la direction de la communication (DICOM), la direction des affaires juridiques (DAJ), la direction des ressources humaines (DRH), la direction des affaires financières (DAF), la direction du numérique (DNUM), le service de la transformation ministérielle et de l'animation du réseau (STMAR), le service du haut fonctionnaire de défense et de sécurité (SHFDS), la délégation à l'encadrement supérieur (DES) et la délégation ministérielle à l'accessibilité (DMA).

Les responsables du cabinet du secrétaire général supervisent l'activité de son secrétariat particulier, de conseillers, de la chancellerie, du pôle courrier et du bureau des associations.